| Id | Element | Ion | Binding family | Amino acids or nucleotide residues names | All bound residues | Is homomer | Number of bound amino acids or nucleotide residues | Number of all bound residues | Number of coordinating chains | Representative |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5YL1-CA-42 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 5YL1-CA-43 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 5YL1-CA-44 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 5YL1-CA-45 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 5YL1-CA-46 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 5YL1-CA-47 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 5YL1-CA-48 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 5YL1-CA-49 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 5YL1-CA-50 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 5YL1-CA-51 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 5YL1-CA-52 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 5YL1-CA-53 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 5YL1-CA-54 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 5YL1-CA-55 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 5YL1-CA-56 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 5YL1-CA-57 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 5YL1-CA-58 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 5YL1-CA-59 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 5YL1-CA-60 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 5X9A-CA-1 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU.HOH. | ✔ | 3 | 6 | 2 | ✔ |