| Id | Element | Ion | Binding family | Amino acids or nucleotide residues names | All bound residues | Is homomer | Number of bound amino acids or nucleotide residues | Number of all bound residues | Number of coordinating chains | Representative |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2Z8D-ZN-3 | ZN | Zn²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU.HOH. | ✔ | 3 | 6 | 2 | ✘ |
| 2Z8E-ZN-2 | ZN | Zn²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU.HOH. | ✔ | 3 | 6 | 2 | ✘ |
| 2Z8E-ZN-3 | ZN | Zn²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU.HOH. | ✔ | 3 | 6 | 2 | ✘ |
| 2Z8F-NA-1 | NA | Na⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU.HOH. | ✔ | 3 | 6 | 2 | ✔ |
| 2Z8F-NA-2 | NA | Na⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU.HOH. | ✔ | 3 | 6 | 2 | ✔ |
| 1I9R-ZN-2 | ZN | Zn²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✘ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 1F35-ZN-1 | ZN | Zn²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✔ |
| 1F35-ZN-4 | ZN | Zn²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU.HOH. | ✔ | 3 | 4 | 2 | ✔ |
| 1F35-ZN-5 | ZN | Zn²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✔ |
| 1F35-ZN-6 | ZN | Zn²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU.HOH. | ✔ | 3 | 5 | 2 | ✔ |
| 6SHK-ZN-1 | ZN | Zn²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✔ |
| 6SHK-ZN-2 | ZN | Zn²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 3FL7-NA-1 | NA | Na⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✔ |
| 3FL7-NA-2 | NA | Na⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 6AB6-CA-1 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✔ |
| 6AB6-CA-2 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 6AB6-CA-3 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 6AB6-CA-4 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 6AB6-CA-5 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |
| 6AB6-CA-6 | CA | Ca²⁺ | D2E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 3 | 3 | 2 | ✘ |