X-ray structure uridine phosphorylase from Vibrio cholerae in complex with thymine at 1.25 A resolution

PDB ID: 4OGL
Metal site ID: 4OGL-NA-1
Bound amino acids or nucleotide residues: E2I2S2
Group identifier: I2S2
Is homomeric: True
Amino acid or nucleotide residue IDs: GLU A.48 GLU B.48 ILE A.68 ILE B.68 SER A.72 SER B.72
All ligands IDs: GLU A.48 GLU B.48 ILE A.68 ILE B.68 SER A.72 SER B.72
Number of coordinating amino acids or nucleotide residues: 6
Number of coordinating ligands: 6
Number of coordinating chains: 2
Number of coordinating chains: 2
Representative metal site in the group: 5M2T-NA-1
Similar binding_sites:
Metal site idBound amino acidsBound ligands IDs
1U1C-K-1E2I2S2 GLU A.49 GLU B.49 ILE A.69 ILE B.69 SER A.73 SER B.73
1U1C-K-2I2S2 ILE C.69 ILE D.69 SER C.73 SER D.73
1U1D-K-3I2S2 ILE E.69 ILE F.69 SER E.73 SER F.73
2PGA-K-1E2I1 GLU A.1049 GLU F.4049 ILE F.4069
2PGA-K-2E2I2 GLU B.6049 GLU D.3049 ILE B.6069 ILE D.3069
4OF4-NA-2E2I2S2 GLU A.49 GLU B.49 ILE A.69 ILE B.69 SER A.73 SER B.73
4OF4-NA-3E2I2S2 GLU A.49 GLU B.49 ILE A.69 ILE B.69 SER A.73 SER B.73
4OGL-NA-1E2I2S2 GLU A.48 GLU B.48 ILE A.68 ILE B.68 SER A.72 SER B.72
5EFO-NA-3E2I2S2 GLU E.48 GLU F.48 ILE E.68 ILE F.68 SER E.72 SER F.72
5EPU-NA-1E2I2S2 GLU A.48 GLU B.48 ILE A.68 ILE B.68 SER A.72 SER B.72
5EPU-NA-3E2I2S2 GLU E.48 GLU F.48 ILE E.68 ILE F.68 SER E.72 SER F.72
5LHV-NA-2E2I1S2 GLU C.48 GLU D.48 ILE D.68 SER C.72 SER D.72
5LOK-K-2E2I2S2 GLU C.48 GLU D.48 ILE C.68 ILE D.68 SER C.72 SER D.72
5MIW-NA-1E2I2S2 GLU A.48 GLU B.48 ILE A.68 ILE B.68 SER A.72 SER B.72
5MIW-NA-6E2I2S1 GLU E.48 GLU F.48 ILE E.68 ILE F.68 SER E.72
5OUR-NA-1E2I2S2 GLU A.48 GLU B.48 ILE A.68 ILE B.68 SER A.72 SER B.72
5OUR-NA-2E2I1S2 GLU C.48 GLU D.48 ILE C.68 SER C.72 SER D.72
5OUR-NA-3E2I1S2 GLU E.48 GLU F.48 ILE E.68 SER E.72 SER F.72
6RCA-NA-2E2I2S2 GLU C.48 GLU D.48 ILE C.68 ILE D.68 SER C.72 SER D.72
6Z9Z-NA-1E2I2S2 GLU A.48 GLU B.48 ILE A.68 ILE B.68 SER A.72 SER B.72
6Z9Z-NA-2E2I2S2 GLU C.48 GLU D.48 ILE C.68 ILE D.68 SER C.72 SER D.72
6Z9Z-NA-4E2I2S2 HOH B.684 HOH B.730 HOH C.433 HOH C.531 HOH C.605 HOH C.643 HOH C.679